Cesare Borgia, conocido históricamente como César Borgia (1475 - 1507) fue el hijo del Papa Alejandro VI y un archinémesis del Asesino Ezio Auditore da Firenze. Al igual que su padre, César formó parte de las altas jerarquías de la orden de los Templarios resurgidos, y con el tiempo se convirtió en un cardenal importante. Sin embargo, César tenía ambiciones de conquistar a varios de los Estados italianos que se vieron debilitados durante las décadas finales del siglo XV, y contrató a la cortesana Fiora Carvazza para que matara a su hermano, Juan Borgia el Menor, y de esta forma convertirse en Capitán General del Ejército Pontificio.

Cuando tenía conquistada la Romaña gracias a los mercenarios y condottieros de los que se valió en sus campañas, César tomó Forlì, y tras eso lanzó un ataque a la Villa Auditore en Monteriggioni, donde sabía que estaban los Asesinos. Después de matar a Mario Auditore, que gobernaba Monteriggioni y también era el tío de Ezio, César recuperó el artefacto conocido como "Manzana de Edén" y capturó a la Condesa de Forlì Caterina Sforza, retirándose a Roma al no encontrar pista de Ezio y sus cómplices. Allí, reunió a sus aliados, Octavio de Valois del ejército francés y el tesorero Juan Borgia el Mayor, antes de encarcelar a Sforza en los calabozos del Castel Sant'Angelo. César tenía aspiraciones de conquistar territorio europeo y convertirse en rey, y prometió a su hermana, Lucrecia, volverla reina una vez ocupara el trono. No obstante, Ezio Auditore aniquiló a los aliados de César y lo persiguió hasta la Basílica de San Pedro, donde tomó de vuelta la Manzana de Edén.

Posteriormente, en 1503, César fue arrestado bajo órdenes del Papa Julio II por haber sido el culpable de matar a su propio padre, el Papa Alejandro, aunque logró escapar con sus ejércitos y lanzar un asalto a Viana, España. Finalmente, Ezio lo persiguió hasta la cima del castillo donde la batalla estaba volviéndose más cruenta, y ambos combatieron hasta que César fue vencido y, todavía incrédulo de que tal hecho fuera posible al convencerse de ser el hombre más poderoso del mundo, cayó de la cima del castillo y murió al estrellarse contra el suelo. En 1522, se publicó el libro El Príncipe del filósofo Nicolás Maquiavelo, donde expuso las razones de cómo debería gobernar el Príncipe florentino Lorenzo II de' Medici y argumentó su teoría basándose en ejemplos de la historia italiana, entre ellos las campañas de César Borgia.